南充历史悠久，早在新石器时代（约前五、六千年左右），境内就有先民生息。原始社会的唐尧、虞舜时，境内为“有果氏之国”（原始部落）。

战国后期南充境内设县。（据《元和郡县志》、《太平寰宇记》、《蜀中广记》等书记载，当时阆中县的辖地大致包括今阆中、南部、西充、营山、仪陇、蓬安、顺庆、高坪、嘉陵等县（区）及广元市的苍溪和剑阁东南部、巴中市的恩阳、广安市岳池县西部和北部。隶巴郡（郡治今重庆市渝中区）。

东汉，南充境内设郡（相当于今地级市一级政区）。据《华阳国志·巴志》载，东汉献帝初平元年（190年），分巴郡地在今南充市境内设巴郡（原巴郡更名为永宁郡），郡治安汉县（今南充市顺庆区），隶益州（州治今成都市城区）。巴郡辖7县，今南充市境内设有安汉、阆中、南充国，西充国4县。献帝建安六年（201年），巴郡更名为巴西郡，郡治从安汉县迁至阆中县。

隋朝时期，结束了南北朝分裂割据的局面。隋初清理省并了滥设的州、郡、县。境内设有蓬州、隆州及14县，其中安汉县在开皇十八年（598年）更名为南充县。隋炀帝大业三年（607年）调整政区设置，改州为郡 ，境内仅设有巴西郡（郡治今阆中市）及13县。

唐、宋时，境内设果州（州治今顺庆区）、阆州（州治今阆中市）、蓬州（州治今营山县安固乡）及十余县。南宋后期的理宗宝庆三年（1227年），将宋理宗赵昀于宁宗嘉定十四年（1221年）任果州团练使之地果州升为顺庆府（府治今顺庆区）。

元朝境内设有顺庆路（路治今顺庆区）、保宁府（府治今阆中市）、蓬州（州治今蓬安县）及7个县。明朝境内所设府（州）、县基本未变。清朝境内设有川北道（道治今阆中市），辖顺庆、保宁二府及7个县（州）。清顺治三年（1646年），清兵进入四川后，四川省治初设保宁府（府治今阆中市），清顺治十七年（1660年）四川省治迁至成都。

民国二年（1913年）境内设川北道（道治今阆中市），民国三年（1914年）川北道改为嘉陵道，民国五年（1916 年）嘉陵道治迁至南充县（今顺庆区）。民国十七年至十八年（1928年至1929年），撤销道，县由省直辖。民国二十四年（1935年）四川省县以上设置了十八个行政督察区，境内设有第十一行政督查区和7个县。

民国二十二年至二十四年（1933年至1935年），中国工农红军第四方面军在陕西南部和四川北部一带建立了川陕革命根据地，先后在境内建立了阆南县、仪陇县、长胜县、营山县、德丰县和宗发市苏维埃政权，隶属于川陕省苏维埃政权。红四方面军总政治部和33军军部曾设在阆中。

1949年12月10日南充解放。1950年在南充设立了省级行政机构--川北行政公署。川北行署驻南充市（今顺庆区），辖南充市和南充、遂宁、达县、剑阁4个专区35县。其中南充市人民政府驻今顺庆区，南充专署辖8县，初期驻今广安市岳池县，1952年5月迁至今高坪区。当时境内设有7县。其中6县隶南充专区，1县隶剑阁专区。

1952年8月，撤区建省，南充市、南充专区改隶四川省。9月专署驻地由今高坪区迁至今顺庆区。

1953年1月，南充市由省直辖改由南充专区管辖。同年四川调整行政区划，撤并部分专区，南充专区辖1市11县，其中今境内设有1市7县。

1968年南充区专员公署更名为南充地区革命委员会。

1978年又更名为南充地区行政公署。

1993年7月2日，国务院作出调整南充行政区划决定，撤销南充地区、南充市、南充县，设立南充市（地级），辖原南充地区的南部县、营山县、仪陇县、蓬安县、西充县和新设立的顺庆区、高坪区、嘉陵区，原南充地区的阆中市由省直辖，南充市代管。